大设施研究院与北京航空航天大学大科学装置研究院组织国家优势科研力量，共同完成极弱磁重大科技基础设施的科研与建设任务，并在设施建成后进行运行维护和技术升级。大设施研究院现有大型磁屏蔽空间工程技术中心、量子科学装置与仪器工程技术中心、芯片化量子传感器工艺工程技术中心、零磁科学装置工程技术中心、量子传感器应用系统工程技术中心等科研单元，另有大设施工程总体部。研究院将用五年左右的时间，建成具有国际影响力的国家级重大科技创新平台和产学研合作基地，吸引汇聚一批企业，打造国家量子传感产业创新中心。到2035年左右，研究院将建成具有重要国际影响的极弱磁场国家实验室和国际零磁科学中心，成为重要的国家战略科技力量。
